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對(duì)基因組進(jìn)行PCR擴(kuò)增，擴(kuò)增產(chǎn)物通過瓊脂糖凝膠電泳或PA GE電泳檢測(cè)，研究DNA 多態(tài)性。由于隨機(jī)引fel較低的復(fù)性溫下能與基因組DM非特異性的結(jié)合，當(dāng)相鄰兩個(gè)引物間的DNA 小于2000bp時(shí)，就能夠得到擴(kuò)增產(chǎn)物。與RFLP相比，RA PD具有很多優(yōu)點(diǎn)。1不需要了解研究對(duì)象基因組的任何序列，只需很少純度不高的模板，就可以檢測(cè)出大量的信息。2無需專門設(shè)計(jì)RA W反應(yīng)引物，隨機(jī)設(shè)計(jì)長度為8-10個(gè)堿基的核苷酸序列就可應(yīng)用。3操作簡便，不涉及分子雜交、放射自顯影等技術(shù)。4需要很少的DNA 樣本。5不受環(huán)境、發(fā)育、數(shù)量性狀遺傳等的影響，能夠客觀地提示供試材料之間DNA 差別?？梢詸z測(cè)出RFLP標(biāo)志不能檢測(cè)的重復(fù)順序區(qū)。當(dāng)然RA PD技術(shù)有一定的局限性，呈顯性遺傳標(biāo)記（極少數(shù)共顯性）不能有效區(qū)分雜合子和純合子。易受反應(yīng)條件的影響，某些情況下，重復(fù)性較差，可靠性較低，對(duì)反應(yīng)的微小變化十分敏感。如聚合酶的來源，DNA 不同提取方法，Mg2+離子濃度等都需要嚴(yán)格控制_隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài) DNA randomliamplifipolymorphDNA ,RA PD美國學(xué)者William和Welsh于1990年首先提出的該技術(shù)是通過分析DNA PCR產(chǎn)物的多態(tài)性來推測(cè)生物體內(nèi)基因排布與外在性狀表示的規(guī)律的技術(shù)。RA PD技術(shù)是以8-lObp隨機(jī)寡核苷酸片段作為引物。
因而用一組人為設(shè)計(jì)的核苷酸作為引物，通過PCR隨機(jī)擴(kuò)增可發(fā)生物種特異性的DNA 帶譜。根據(jù)隨機(jī)引物長度將這種技術(shù)分為AP-PCRarbitratiprimePCR,隨機(jī)擴(kuò)增DNA 多態(tài)性分析(randomamplifipolymorphDNA RA PD一種建立基因組DNA 指紋圖譜多態(tài)性分析技術(shù)。其理論依據(jù)是不同的基因組中與隨意引物匹配的堿基序列的位點(diǎn)和數(shù)目可能不同。引物長度為020個(gè)堿基)RA PDrandornamplifipolymorphDNA 引物長度為10個(gè)堿基)和DA FDNA ampliffingerprint引物長度為510個(gè)堿基)三者獲得的DNA 指紋圖譜的復(fù)雜水平不同，引物越長，獲得的指紋圖譜越簡單。
隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性DNA標(biāo)記（RandomamplificationpolymorphismDNA,簡稱RAPD標(biāo)記）多個(gè)等位基因同時(shí)存在于一個(gè)基因座稱為遺傳多態(tài)性（genetic polymorphism）。
遺傳多態(tài)性一般是建立遺傳分子標(biāo)記來分析的。主要有以下幾種方法：限制性片段長度多態(tài)性(RFLP)標(biāo)記：這種多態(tài)性是由于限制性內(nèi)切酶酶切位點(diǎn)或位點(diǎn)間DNA區(qū)段發(fā)生突變引起的。隨機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性(RAPD)標(biāo)記：RAPD是通過短的隨機(jī)引物擴(kuò)增個(gè)體基因組DNA體現(xiàn)多態(tài)性 擴(kuò)增片段長度(AFLP)多態(tài)性標(biāo)記：AFLP是將PCR技術(shù)與RFLP結(jié)合的一種方法，通過對(duì)基因組DNA酶切片段的選擇性擴(kuò)增來檢測(cè)DNA酶切片段長度的多態(tài)性。 微衛(wèi)星多態(tài)性標(biāo)記(SSRP)：基于PCR技術(shù)的DNA標(biāo)記，多態(tài)性是由同一座位上
的串聯(lián)單元數(shù)量的不同而產(chǎn)生的。 單鏈構(gòu)象多態(tài)性標(biāo)記(SSCP)單核苷酸多態(tài)性標(biāo)記(SNP)：將被測(cè)段與高密度DNA探針(中部單核苷酸替代探針)微陣列雜交，一次性快速顯示被測(cè)序列的單核苷酸多態(tài)性，并通過計(jì)算機(jī)分析雜交類型，終顯示SNP結(jié)果。
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