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真菌是主要的植物病原微生物。由子囊菌中的白粉菌引起的大麥、蘋果和葡萄的白粉病。由半知菌引起的植物病害有棉花炭疽病、立枯病和黃萎病，許多真菌都可以引起植物病害。如由藻狀菌中的致病疫霉（Phytophthorainfestan引起的馬鈴薯晚疫病。由擔子菌中的銹菌引起的許多禾谷類作物的銹病及黑粉菌引起的小麥腥黑穗病、散黑穗病和玉米黑粉病等已成為世界性的嚴重作物病害。水稻的稻瘟病和紋枯病等。幾乎在大多數(shù)作物上，果蔬上和花卉上都能發(fā)現(xiàn)真菌引致的病害。許多真菌的無性孢子和有性孢子均能在植物上寄生。而無性孢子的大量繁殖和生長是病害蔓延和流行的主要原因，有性孢子的形成和它種子及殘枝落葉中休眠或越冬是翌年發(fā)病的主要原因。許多病原真菌的復雜的生活史中，一個階段在寄主植物，另一階段則在土壤或植物殘留物中完成。病原真菌的侵染與溫度和濕度有密切的關系。溫暖濕潤的氣候和土壤條件尤其有利于病原真菌的侵染和植物病害的蔓延，土壤pH值也對真菌的侵染和致病性有一定的影響。
能侵染植物并引起病害的細菌主要來自假單胞菌屬、黃單胞菌屬、土壤桿菌屬、棒狀桿菌屬、歐文氏菌屬和枝原體屬等。病原細菌多由植物的自然孔口或傷口侵入。常引起植物發(fā)生斑點、白葉、頂死、萎蔫、軟腐和過度生長等病癥。多能存活于植物組織或種子中。次年春天借昆蟲和降雨再次傳達。引起水稻白葉枯病的水稻黃單胞菌（Xanthomoasoryza除能在水稻秸桿上越冬外還能寄潛在種子穎殼、胚或胚乳表面，寄生于植物組織或?qū)Ч苤??；蜻M入土壤中營腐生生活。例如引起果樹火疫病的解淀粉歐文氏菌（Erwiniaamylovora就在樹干或樹枝的組織中越冬。能在干燥條件下存活半年以上，因而還能隨種子傳播。引起蠶豆萎蔫病的棲菜豆假單胞菌（Xanthomonas.
寄生時能使許多雙子葉植物(如番茄、糖用甜菜和許多果樹等)根或莖部形成腫瘤malvacearum能潛伏在蠶豆珠孔中隨種子傳播。引起棉花角斑病的錦葵黃單胞菌(Xanthomonasmalvacearum則寄存在子葉外緣而隨種子擴散。根癌土壤桿菌（Agrobzcteriumrumefacien可作為能在土壤中兼性腐生的代表。
已知能引起植物病害的病毒有300余種。迄今仍是農(nóng)業(yè)生產(chǎn)中的重大難題之一。煙草花葉病毒是早被發(fā)現(xiàn)的病毒。植物病毒的侵入必需要有活細胞上的微傷才干進入細胞質(zhì)，馬鈴薯遲化病早在18世紀末即在歐洲發(fā)現(xiàn)。流行時常可使產(chǎn)區(qū)烤煙減產(chǎn)25％。與動物病毒和噬菌體不同。然后可以經(jīng)薄膜細胞和胞間連絲彌散或進入輸導組織快速轉(zhuǎn)移。病毒在植物體內(nèi)的分布有局部性和全面性兩種，進入寄主細胞的病毒在復制自身的同時，干擾和破壞了寄主細胞的正常生理代謝活動，從而發(fā)生植物受害的癥狀。
由微生物引起的植物病害具有重要的生態(tài)學及重大的經(jīng)濟意義。能寄生于植物的病毒、細菌、真菌和原生動物都屬于植物病原微生物。輕微條件下它只引起植物生長的失調(diào)并降低其在生態(tài)環(huán)境中的生活和競爭能力；嚴重時則會導致植物死亡、大幅度減產(chǎn)和饑荒。病原微生物與植物的相互關系有一定的專一性。不同病原菌的寄主范圍寬窄不同。另一些病原菌的專一性較低。沒有適合的寄主時，有些病原菌只危害一種或少數(shù)幾種植物。常能寄生于多種不同的植物。有些病原菌除了寄生以外。還能營腐生生活，屬于兼性寄生的類群。植物體內(nèi)大量發(fā)展的病原菌通過各種途徑干擾植物的正常功能并引起病害的典型癥狀。例如，植物葉組織壞死造成葉斑；果膠酶和纖維素酶可使植物組織和細胞解體造成潰瘍和腐爛；氣孔或輸導組織被病菌侵染后可導致萎蔫和枯萎；葉綠素合成代謝的破壞則造成植株缺綠；病原菌產(chǎn)生的吲哚乙酸等生長素類物質(zhì)可使局部組織細胞過度增生而產(chǎn)生畸形、樹癭等特殊形態(tài)。植物一旦受到病原微生物的危害之后經(jīng)常會給某些條件致病菌造成侵染的機會，兩類微生物的雙重侵染又進一步加重了對植物的損害。植物病害對農(nóng)業(yè)、林業(yè)及畜牧業(yè)的發(fā)展造成了重大的威脅，嚴重時甚至會影響到一種作物在某一特定地區(qū)種植的可能性，病害高發(fā)區(qū)種植的作物產(chǎn)量極低甚至會顆粒無收。
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